International Science and Technology Journal
Published by
Under supervision of
Open Access Journal
ISSN: 2519-9854 (Online)
ISSN: 2519-9846 (Print)
A peer-reviewed and open access journal concerned with publishing researches and studies in the field of applied sciences and engineering
Diversity analysis supported phenotypic traits and RAPD based markers in collections of Roselle
| Researcher(s): | - Omalsaad. S. Mohammed
- Anwar E. Aboubakr
- Gazala M. Alhdad
|
|---|
| Institution: | Botany Department, Faculty of Science, Sirt University, Sirte Libya |
|---|
| Field: | علوم الاغذية والزراعة وعلوم النبات |
|---|
| Published in: | 30th volume - July 2022 |
|---|
الملخص
لتقييم التنوع الجيني بين اصناف الكركديه (Hibiscus sabdariffa) تم دراسة صفات مورفولوجية وجينية محددة لغرض تجميع الاصناف المختلفة في أنماط وراثية مميزة، من خلال إجراء مقارنة بين الطرق المورفولوجية والجزيئية، أظهرت النتائج بناءً على الوصف المورفولوجي في التحليل العنقودي قيمة تباين منخفضة بين الاصناف ودعمت هذه النتائج بالتحليل الجيني. التوصيف الجزيئي الذي تم اجرائه على ثمانية اصناف من النباتات وذلك باستخدام اثنين من البادئات Chl 1 وCh14 بطريقة الحمض النووي العشوائي متعدد الأشكال المضخم (RAPD). لقد اظهرت البادئات تضخيم 42 جزءًا: منها 28 كانت متعددة الأشكال مما يشير إلى أن اصناف الكركديه قريبة وراثيًا. فأعطى Chl1 أعلى تنوع وراثي ومحتوى معلومات متعدد الأشكال بنسبة (72%). دليل التشابه يتراوح بين 0.62-0.9 مما يظهر تقارب المدى الجيني، وكانت درجة التشابه للصنف 8 هو الأدنى حيث صُنف في مجموعة منفصلة عن جميع الاصناف الأخرى. بالإضافة إلى ذلك، فقد تم الحصول أيضًا على درجة تشابه مرتفعة بين الأصناف UKM1 and UKM2، وكان الصنف 3 له قيمة تشابه عالية مع الصنف 6. وكانت المسافة الجينية قريبة جدًا بين الأصناف. وبالتالي، فان دلالة RAPD لديها القدرة على تحديد الأصناف وتوصيف التنوعات الجينية داخل الأصناف.
Abstract
In order to evaluate the genetic diversity among Roselle (Hibiscus sabdariffa) accessions, a specified morphological and genetic markers were used to group the various accessions into distinct genotypes comparing between morphological and molecular methods were conducted. The groupings of accessions based on morphological description in cluster analysis were showed low variance value which was supported by genetic analysis. Molecular characterization was undertaken on eight accessions using two primers (Chl1 and Chl4) and the random amplified polymorphic DNA (RAPD) method. Two primers were able to amplify 42 fragments of which 28 were polymorphic indicating that Roselle accessions are genetically close. Chl1 gave the highest genetic diversity and polymorphic information content (72%). The similarity index ranged from 0.62-0.91, which revealed a close range of genetic identification. A similarity coefficient of accession 8 was the lowest where this accession was classed into a separated group. In addition, high similarity index was also obtained among some of the accessions; UKM1 was highly similar to UKM2 and accession 3 had high similarity value with accession 6. The genetic distance was very close within the varieties. Thus, these RAPD markers have the potential for identification of varieties and characterization of genetic variation within the varieties